U Cetini pod „V'sinjem“ (tako se nazivalo naselje na mjestu današnjega Sinja), knez Ivan Nelipić, godine 1357., sagradio je franjevcima samostan i crkvu sv. Marije, što je iste godine potvrdio papa Inocent VI. Samostan je pripadao Bosanskoj vikariji. Pod zaštitom tada moćnog Nelipića samostanu je pripadao velik broj franjevaca tako da se ubrzo stvorila Cetinska kustodija. Njen se kustos spominje od god. 1372. a zna se da je god. 1506. obuhvaćala samostane: Cetinu pod Sinjem, Klis, Skradin, Visovac, Vrliku, Knin i Karin.

Godine 1490. samostan je zapalila a crkvu porušila osmanska vojska. Za obnovu se zauzeo papa Inocent VII. koji je po Žarku Dražojeviću uputio molbu vjernicima da obnove „crkvu Bl. Marije ispod bedema grada V'sinja“. Crkva i samostan tada su vjerojatno obnovljeni ali su, kao i cijela Cetinska krajina, i dalje trpjeli udarce osmanskih osvajača dok konačno Sinj nije pao pod njihovu vlast 1536. godine. Franjevci su se razbježali. Većim dijelom su se s uskocima sklonili pod Klis, a kad je pao Klis (1537.), u Senj.

U vrijeme Morejskog rata (1683.-1699.), 1687. godine, gonjeni strahom od osmanske odmazde došli su franjevci s narodom iz Rame u Sinj i Cetinsku krajinu, kamo su i prije povremeno zalazili kao duhovni pastiri. Sa sobom su, uz druge predmete, donijeli i sliku Majke od milosti, kako se tada nazivala slika Gospe Sinjske. Neki su od njih ostali po selima s narodom a neki su se, nakon kratkog boravka u Dugopolju, smjestili početkom 1688. godine u opatiju Sv. Stjepana (Sustipan) u Splitu. Godine 1690. dobili su zemlje u Sinju oko muslimanske mošeje. Godinu dana kasnije, jer u Splitu „… pribivasce vechie od trii godiscta“, franjevci su se vratili u Sinj i mošeju pretvorili u crkvu Sv. Franje a minaret u zvonik. Međutim, taj položaj nije bio zgodan i stoga su oni na zemlji ispod Kamička, koju su dobili 1695. godine već 1699. godine počeli graditi novu crkvu prema nacrtima Ivana Macanovića rečenog Ragužanina. Gradnju je izvodio Andrija Ruspini iz Bergama. Crkva završena tek 1714. godine. Uz središnju lađu imala je četiri pobočne kapele i apsidu. Međutim, osmanska je vojska već 1715. godine zapalila novosagrađenu crkvu.

Kad su osmanski osvajači 1715. godine opljačkali Cetinsku krajinu, uništili tvrđavu Kamičak, opustošili Zagoru do Drniša i Vrlike, vojnička posada se povukla u sinjsku tvrđavu. S njima je bilo nekoliko franjevaca s Gospinom slikom. Napad na tvrđavu počeo je 8. kolovoza, a posljednji juriš bio je 14. kolovoza uoči blagdana Velike Gospe. Međutim, brojem i oružjem neusporedivo nadmoćnija osvajačka vojska neočekivano i neobjašnjivo se povukla. Branitelji i narod bili su uvjereni da je relativno maloj i iscrpljenoj posadi pomogla Majka Božja u predvečerje njezinog blagdana – Uznesenja Marijina (Velika Gospa). Zahvalni vojnici i časnici skupili su 80 cekina i dali izraditi zlatnu krunu kojom je splitski nadbiskup Stjepan Cupilli okrunio Sliku 1716. godine. Iako su franjevci nastojali da se Slika ponovno postavi u crkvu pod Kamičkom, ipak ona je neko vrijeme ostala u tvrđavi jer je nisu htjeli dati časnici ni vojnici. Nakon više godina suprotstavljanja, sam je mletački dužd zapovjedio da se Slika preda franjevcima. Tako je Slika prenesena u novu crkvu 1721. godine.

Nakon rata crkva se sporo popravljala tako da je pokrivena tek 1723. godine. Godine 1733. napravljen je drveni Gospin oltar na koji je postavljena slika Majke od Milosti, koju su, zahvaljujući brojnim štovateljima i hodočasnicima izvan Sinja i Cetinske krajine, poslije čudesne obrane Sinja 1715. godine, upravo oni počeli nazivati Gospom Sinjskom a taj je naziv vremenom općeprihvaćen. Slika je naslikana krajem XVI. ili početkom XVII. stoljeća. Štovala se u Rami prije dolaska u Sinj. Godine 1758. za Sliku je napravljen srebrni okvir. On je godine 1766. dobio ukrasne dodatke. Okvir je 1973. godine popravio akademski kipar Ante Jakić.

Godine 1743. podignut je mramorni oltar sv. Ante, a godine 1750. napravljena su još dva oltara, sv. Josipa i sv. Paškala.

28. studenog 1769. godine Sinj je napola porušio potres u kojem je stradala i crkva. Pri obnovi crkve srušene su kapelice sagrađene prema Macanovićevu nacrtu. Nutarnji zid je podijeljen s trima visokim lukovima u kojima su postavljeni oltari. Između stupova su prozori a na pročelju velika ruža. Time je crkva dobila jednostavni oblik koji je uglavnom sačuvala do danas.

U crkvi su bili jednostavni oltari, uglavnom od domaćeg kamena (muljike) i drva. Sliku sv. Josipa naslikao je Toma Giazi. Mramorni barokni oltar Gospe Sinjske, kao zavjetni dar cijele Cetinske krajine, završen je 1795. godine. Kad je god. 1803., na spomendan sv. Paulina (22. VI.), grȁd uništio sve usjeve, Sinjani su se utekli svecu i zasijali proso i drugo sjeme tako da nije bilo gladi. Stoga su oltar na dnu crkve posvetili sv. Paulinu. Njegovu je sliku naslikao Nikola Blašković.

Crkva je godine 1862. obnovljena. Zidovi su podignuti za nekoliko redova kamenja. U apsidi iza oltara načinjen je kor za redovnike, a iznad vrata novo pjevalište za orgulje, koje je popravio i povećao organist Josip Bergoni iz Splita 1879. godine. Godine 1876. mramorni glavni oltar podigao je Franjo Monti. Crkvu je 1903. godine oslikao Dragutin Inchiostri. Godine 1906. nabavljene su nove orgulje od tvrtke Rieger iz Jägendorfa. Tada su u crkvi izvršeni i neki manji popravci.

11. rujna 1944. tijekom američkog savezničkog bombardiranja Sinja crkva je pogođena s tri avionske bombe. Potpuno je srušeno pročelje crkve, orgulje i dva oltara, a cijela unutrašnjost je oštećena. Odmah se pristupilo popravljanju crkve kako su poratne prilike dopuštale. Cjelokupni popravak izvršen je 1953. godine. Iz temelja se podiglo pročelje a plafon privremeno učinjen od dasaka. Godine 1957. nabavljena su nove orgulje tvrtke Franc Jenko iz Ljubljane, a povećane su za nekoliko registara 1962. godine. 1959. godine nabavljena su dva mramorna oltara iz stare samostanske crkve u Makarskoj. Na jednom je stara slika sv. Paulina a na drugom nova sv. Nikole Tavelića ak. slikara Bruna Bulića. Godine 1962. prema nacrtu arh. Ante Baraća izrađen je bačvasti krov koji je kasnije oslikao Bruno Bulić. Nabavljen je Križni put ak. kiparice Mile Wood i postavljen u prezbiteriju oko glavnog oltara (1963.). Ista je umjetnica 1964. godine za Svetište izradila sedam gipsanih medaljona koji prikazuju sedam radosti Bl. Dj. Marije. Oni su poslije obnove unutrašnjosti samostana, devedesetih godina, postavljeni u hodnik koji povezuje samostan i crkvu.

Novo obnavljanje crkve počelo je uređenjem sakristije 1967. godine. Namještaj je izrađen prema nacrtima arh. Bernarda Bernardija. Godine 1974. pod vodstvom istog arhitekta, počelo je uređenje Svetišta. Glavni je oltar zamijenjen novim, jednostavnim oltarom iznad kojeg je sagrađen baldekin. Drveni antipedij tog oltara, na kojem je prikazan narod koji se utječe Gospi Sinjskoj, izradio je ak. kipar Vinko Fabri. Stari strop kojeg je oslikao Bruno Bulić zamijenjen je ravnim drvenim stropom. Od starog oslikanoga stropa ostala tek mala površina na svodu prezbiterija. Napravljen je i novi kor u baroknom obliku, obložen drvom. Zidovi su ujednačeni i jednostavno prevučeni bojom. Glavna ulazna vrata su proširena. Iznad njih je velika ruža a sa strane dvije manje.

Prostorije („kapelice“) uz crkvu su spojene u jedinstven prostor namijenjen prvenstveno za ispovijedanje. U sredini tog prostora postavljena je krstionica ak. kipara Ante Župića, koja se prije obnove nalazila na dnu hodnika uz sakristiju. 1966. godine izrađena je dugačka srebrna posuda za cvijeće na kojoj reljef s prikazom čudesne obrane Sinja (1715.), rad ak. kipara Ante Jakića. Gospin oltar popravljen je 1978. godine.

Tijekom tadašnje obnove crkve pronađena je grobnica ispod glavnoga oltara u koju su se ukopavali franjevci u XVIII. stoljeću. Otvoren je novi pristup grobnici na dnu hodnika uz sakristiju. Uređena je kao kripta bez posebne namjene. Godine 1986. Josip Botteri Dini zatvorio je tri romaničke arkade redovničkog kora iza glavnog oltara s vitrajima: Navještenja, Uskrsnuća i Gospe žalosne. Iznad arkada izradio je mozaik borba pod Sinjem i klanjanje Djevici. U godini jubileja (1687.-1987.) postavljena su na crkvi brončana vrata (dolazak fratara s Gospinom slikom iz Rame i pobjeda nad Turcima) rad ak. kipara Stipe Sikirice.

Zbog praktičnih razloga uklonjena je krstionica iz središnjega dijela prostora uzduž crkve te izravnana udubina na podu u kojoj je bila smještena krstionica. Ona se nalazi u tom prostoru ali ne služi svojoj svrsi. U istom prostoru, na poleđini Gospina oltara, postavljen je reljef u drvu, koji je služio kao antipedij prijašnjeg glavnoga oltara, rad akad. kipara Vinka Fabria.

Godine 2003. preuređen je prezbiterij. Skinut je baldekin, postavljen novi oltar od bračkog kamena „Dračevice“, rad ak. kipara Kuzme Kovačića. Uklonjena su dva vitraja, Naviještenje i Gospa žalosna, rad ak. Josipa Botterija Dinija. Isti je autor tom prigodom izradio vrata tabernakula (mozaik) i vitraj oko njega. Tada su na dvama prozorima u prezbiteriju postavljeni vitraji akad. kipara Antuna Vrlića, a nasuprot njima u „slijepim prozorima“ dva mozaika istoga autora. Put križa, akad. kiparice Mile Wood, iz prezbiterija je premješten u crkvenu lađu. Obnovljeni su oltari sv. Josipa i sv. Ante. Na pročelju crkve je postavljeno pet vitraja, rad ak. slikara Ivana Grgata, a 2004. god. još devet vitraja od istoga slikara.

Godine 2001. preuređeno samostansko dvorište. U tom je dvorištu, ispred samostana, 1977. godine postavljen brončani kip sv. Franje, rad akad. kipara Stanka Vukadina. Kip je 2009. godine premješten na ulaz u crkveno dvorište. Na njegovo mjesto iste je godine postavljen kameni kip Majke od milosti, rad akad. kipara Josipa Marinovića.

Vjerojatno su ratne okolnosti u kojima je crkva građena i već sljedeće godine zapaljena (1715.), a od tada u više navrata rušena i obnavljana, bile razlogom da nije bila posvećena - barem o mogućoj posveti ne postoji nijedan dokument. Zato je crkva, zajedno s novim oltarom, posvećena tek 21. svibnja 2009. godine.

Uz prvotnu crkvu na zapadnoj strani bio je sagrađen i mali, „neugledni“ zvonik. U drugoj polovici 19. stoljeća počelo se misliti na podizanje novoga, velikog zvonika. Godine 1896. počela je gradnja prema nacrtu Bortolotti-Grazija. Tada je izrađen samo donji dio do visine velike kapele. Rad je zastao i nastavljen je tek 1926. godine te dovršen kao „trokatni“ zvonik u neormaničkom stilu. U zvoniku su četiri zvona tvrtke De Poli iz Vittorio Veneto.

2012. godine, prema nacrtu arhitekta Ivana Vučkovića, sagrađen je „klaustar“ na mjestu gdje je bio predviđen nacrtom samostana i crkve ing. Antonia Benonija iz 1702. godine. U tom višenamjenskom prostoru, na desnoj strani prema crkvi, postavljen je brončani reljef Majke od milosti (Gospe Sinjske), rad akad. kipara Kuzme Kovačića. Zapravo se radi o odljevu reljefa koji je isti umjetnik izradio za franjevačku crkvu u Rami. Reljef je u taj prostor bio postavljen 2007. godine. Izgradnjom klaustra reljef je postavljen u nišu koja je, prema zamisli istog umjetnika, urešena jednim dijelom zavjetnih darova Gospi Sinjskoj. Uz tu nišu postavljeni su stalci za svijeće. Na zidu nasuprot niši s Gospinim reljefom postavljeni su (2012.) brončani medaljoni znamenitih hodočasnika koje su izradili različiti akademski kipari: bl. Majka Terezija (Kate Marović), bl. Alojzije Stepinac (Goran Balić), nadbiskup Frane Franić (Kažimir Hraste), kardinal Franjo Šeper (Kuzma Kovačić), kardinal Franjo Kuharić (Kažimir Hraste), kardinal Vinko Puljić (Tomislav Kršnjavi), kardinal Angelo Sodano (Dragan Dužević). Pri dnu istoga prostora, na razini poda, postavljen je brončani kip sv. Franje Asiškoga, rad akad. kipara Ivana Kožarića (2012.).

Povodom proslave 200-te obljetnice dolaska naroda, fratara i Gospine slike iz Rame (1687. – 1887.), sagrađena je zavjetna kapela na vrhu sinjske tvrđave iz koje je, uz Gospinu pomoć, obranjen Sinj 1715. godine. Krov, svod i pod kapele obnovljeni su 2006. godine. 2012. godine djelatnici Restauratorskoga zavoda iz Splita očistili su kameni oltar koji je u više navrata bio obojen. Iste je godine na oltar postavljena replika Gospine slike bez nakita koju je, prema veličini postojećeg okvira sa samog početka 18. stoljeća, izradila Sanja Šustić tehnikom ulja na platnu. Povodom svečanosti otvaranja sedmogodišnje priprave za 300. obljetnicu čudesne obrane Sinja (1715. – 2015.), 2008. godine, uz zavjetnu kapelu na „Gospinu gradu“ postavljen je brončani kip Majke od milosti, rad akad. kipara Josipa Marinovića.

Od 1996. godine na Gospinu gradu se obavlja pobožnost puta križa. 2001. godine probijena je staza za put križa. Iste je godine izrađen projekt postavljanja brončanih postaja puta križa, u naravnoj veličini, što je povjereno četrnaestorici umjetnika. Od 2001. – 2003. godine izrađeno je pet postaja: I., Stipe Sikirica; V., Stjepan Skoko; VI., Marija Ujević; XIII., Miro Vuco; XIV., Josip Marinović; Te su postaje postavljene na stazu puta križa 2007. godine, zajedno s III., Ante Starčevića (2007.). Zatim su postavljene sljedeće: VII., Kažimir Hraste (2009.); IV. Kuzma Kovačić (2010.); X., Mile Blažević (2011.); II., fra Duje Botteri (2012.).

Članovi sinjskog samostana bili su župnici na širokom području od Dinare do Krke. Svojim radom, ispovijedanjem, duhovnim vodstvom, propovijedanjem, franjevci su sinjski samostan i Svetište učinili središtem vjere i milosti. Sav taj rad bio je prožet ljubavlju prema Mariji i širenjem slave i pobožnosti prema Gospi Sinjskoj. U novije vrijeme počeo je i suvremeniji način rada kao tiskanje sličica, slika, vjenčića i molitvenika, izdavanjem glasnika Gospe Sinjske, koji ponovno izlazi od god. 1974. kao vjesnik Svetišta. Organiziraju se i svečanosti od kojih je osobito bila svečana god. 1887. ili god. 1965. kao i godišnja hodočašća koja se odvijaju u ljetnim danima, osobito oko svetkovine Velike Gospe, uključujući devetnicu. Znak odanosti i pobožnosti vjernika su darovi na samoj slici i reljefu, milodari, posjeti crkvi te skupna hodočašća koja se u Svetištu pretvaraju u milosnu završnicu primanjem sv. sakramenata. Proslava Marijina na dan Velike Gospe svake godine je sve veća i ostaje vidljivi dokaz vjere našeg naroda.

Skupa s crkvom pod Kamičkom, gdje je i danas, franjevci su počeli graditi i samostan. On je proširen 1747. godine. Tek polovicom XIX. stoljeća zgrada je podignuta za još jedan kat. Godine 1908. izgrađeno je novo krilo od kamena na tri kata, a godine 1927. treći kat nad starim samostanom. U prigodi proslave 150. godišnjice Franjevačke klasične gimnazije 1989. god. na sjevernoj strani samostana podignuta je dvorana s 200 sjedećih mjesta. Godine 1993/94. temeljno je obnovljeno sjeverno i istočno samostansko krilo, i krilo bivše gimnazijske zgrade, a godine 1995. i staro samostansko krilo koje je obloženo kamenim pločama.

Sinjski je samostan, kao i drugi, bio dom, škola i odgojilište mladih franjevaca. Godine 1735. u Sinju se predavala filozofija i moralno bogoslovlje. God. 1826. određeno je da u Sinju bude provincijsko bogoslovno učilište.

Sinjski je samostan poznat po svojoj gimnaziji koja je otvorena god. 1854. Franjevci, naime, morali su god. 1828. prihvatiti reformu školstva ali tek 1838/39. šk. god. uređen je studij. Tada je određeno da se u Sinju predaje nadopuna gimnazije (licej) – filozofija. Kada je god. 1848. došlo do nove reforme školstva, u Sinju je 1852/53. šk. god. osnovana niža gimnazija. Od tada su se u Sinju postupno otvarali niži razredi, a 1854. godine Javno više hervatsko gimnazije s hrvatskim nastavnim jezikom. Za gimnaziju je sagrađena zgrada na trgu i uređena dvorana a kasnije je uređeno sjemenište u zgradi u samostanskom dvorištu. Međutim, nacionalni rad sinjskih nastavnika bio je zazoran austrijskoj upravi i god. 1880. škola je postala privatna time što je u Sinju bilo 5 ili 6 razreda dok su druga dva – filozofija (licej) bili u Zaostrogu. God. 1908. sagrađena je velika zgrada na ulazu u Sinj za sjemenište. U Sinj je god. 1927. iz Zaostroga prešla filozofija. Godine 1929. dobila su pravo javnosti prva dva razreda. Filozofija je 1935/36. šk. god. odijeljena od gimnazije koja se time upriličila državnom programu. Konačno 1939/40. šk. god. gimnazija je dobila pravo javnosti.

Nakon Drugog svjetskog rata komunistička vlast je oduzela tu zgradu i dva kata novog samostanskog krila. Uza sve to, škola nije prestala djelovati već je nastavila kao Franjevačka srednja škola za spremanje svećenika. Neki su razredi bili u Makarskoj, kasnije u Zagrebu. Godine 1962. sva je srednja škola sjedinjena u Sinju. Kako je veći dio zgrade na trgu nacionaliziran, god. 1966.-67. sagrađena je nova zgrada gimnazije na istoku samostana dok je sjemenište smješteno na trećem katu samostana. Godine 1978. obnovljena je sjemenišna kapela s radovima akademske kiparice Marije Ujević (tabernakul i reljef sv. Franje).

Godine 1990.-92., u jeku Domovinskog rata, sagrađena je nova sjemenišna zgrada. Zbog učestalih srpskih napada, Franjevačka gimnazija je šk. god. 1991./92. morala kao prognanik potražiti sigurnije sklonište u samostanu u Živogošću.

U samostanu je knjižnica s preko 50.000 knjiga, 14 inkunabula, oko 100 fascikla rukopisa, 120 zemljopisnih karata. Samostanski arhiv bogat je materijalom iz redovničke ali i mjesne prošlosti. Gimnazijski arhiv danas u gimnazijskoj zgradi pod državnom zaštitom (24/107-69, reg. br. 128). Godine 1860. stvorena je u samostanu arheološka zbirka s veoma vrijednim antičkim spomenicima među kojima se ističe kip božice Hekate i Heraklova glava. Zbirka je pod državnom zaštitom (35/52-63, br. 1). Uz arheološku zbirku u samostanu je i bogata etnografska, numizmatička i paleontološka zbirka. Zbirke Franjevačkog samostana u Sinju, nakon dosta seljenja, od g. 1972. nalaze se u suvremenoj postavi u novosagrađenoj zgradi uz sjeverno krilo samostana.

U samostanu su uredništva časopisa Kačić, glasnika Gospa Sinjska, a više godina Marija (do 1986.) i Tavelić (do 1985.).

U samostanu i crkvi pomažu Školske sestre franjevke Krista Kralja provincije Presv. Srca Isusova (Split).

(ažurirano: 5. 1. 2016.)